我国卫生防疫体系从新中国成立起至今经历了五个阶段：
(一)初创时期(1949年——1952年)
解放前夕，在东北解放区建立了防疫大队，开展鼠疫、等传染病的防治工作。随着解放战争的胜利发展，许多地区相继建立防疫大队，民族卫生工作队，专业防疫所(站)，大力开展对黑热病、血吸虫病、疟疾、丝虫、性病等传染病、寄生虫病的防治工作，控制了一些传染病、寄生虫病的流行，保证了解放战争的顺利进行。通过这些工作培养和建立了一支防疫专业队伍。1950年、1952年，分别在第一届、第二届全国卫生工作会议上正式确立了”面向工农兵、预防为主、团结中西医、卫生工作与众运动相结合”的卫生工作方针。在这个方针的指引下，全国卫生防疫体系和工作有了很大的发展。
1949年，参照苏联的经验和做法，东北原中长铁路管理局首先建立了卫生防疫站。以后，东北地区的部分省、市也建立了卫生防疫站，在东北行政区还建立了东北卫生防疫总站(1954年撤消)。这些都为1953年全国普遍建立卫生防疫体系积累了宝贵的经验。到1952年底全国已
建立各级、各类卫生防疫站147个。各类专科防治所(站)188个，共有卫生防疫人员20,504人，其中卫技人员19,750人。
(二)全面建立、健全、发展时期(1953年一一1965年)
1953年政务院第167次会议批准，在全国各省、自治区、直辖市，以及地(市)、县(旗、区)普遍建立卫生防疫站。同年，卫生部召开第一届卫生防疫站工作会议，讨论研究贯彻执行政务院的决定。1954年，卫生部颁发了《卫生防疫站暂行办法和各级卫生防疫站组织编制规定》，这是我国卫生防疫体系建设中的重要文件，明确规定卫生防疫站的任务是：预防性、经常性卫生监督和传染病管理。至1996年底，全国除有些少数民族和边远地区外都建立了卫生防疫站。铁路系统和大型厂矿企业也建立了卫生防疫站。根据周总理关于“扩大预防，以医院为中心指导地方和工矿的卫生预防工作”的指示精神，要求医疗机构也要把预防疾病作为重要任务之一，县以上医院建立了预防保健科，乡卫生院建立了卫生防疫组，扩大了卫生防疫队伍，增强了基层卫生防疫力量，大大壮大了卫生防疫体系。
根据传染病对人民健康危害的严重情况，当时，卫生防疫体系的工作重点是集中力量做好传染病 的防治。1955年6月1日经国务院批准，我国颁布了第一个卫生防疫法规——《传染
病管理办法》。
三年自然灾害期间，由于当时的政治、经济、政策环境影响，初建起来的卫生防疫体系经受了第一次曲折，许多地方在机构撤拼中，首当其冲地将卫生防疫站、专科防治所与卫生行政机构、医疗保健机构合并为所谓的”三合一”、”四合一”，使大批防疫机构工作停顿，人员流失，造成一些传染病回升，给人民健康和工农业生产带来不利的影响。直至1962年党中央提出”调整、巩固、充实、提高”的方针后，卫生部于1964年颁发了《卫生防疫站工作试行条例》并在全国贯彻实施，卫生防疫体系才又恢复到正常的发展轨道。
《卫生防疫站工作试行条例》的实施，明确了卫生防疫站作为体系的主体机构的性质、任务和工作内容，并规定了卫生防疫站的组织机构设置人员编制，这对卫生防疫站的发展起到了积极推进作用。到1965年底，全国共有各级各类卫生防疫站2,499个，专业防治机构822个，人员合计77，179人，其中卫生技术人员63,879人。与1952年比较机构增长了16倍，人员增加3倍多，卫生防疫机构得到了长足的发展。
(三)严重破坏时期(1966年——1976年)
十年期间，卫生防疫体系及其工作遭受严重的破坏，卫生防疫站及其他防疫防治机构被作为修正主义产物遭到批判否定、取消、合并，卫生防疫技术人员下放、改行，卫生防疫工作处于全面停顿状态。其后果是十分严重而触目惊心的。曾一度被控制的传染病、寄生虫病又开始流行，由于疫情报告系统、制度全面瘫痪，故现存的资料极不完整。仅以66年底到67年底，由于大串联人大量流动，引发的流行性脑脊髓膜炎为例，据不完全统计，发病累计达300万人以上，发病率为403/ 10万，病死率为5．49％；苏、鲁、豫、皖、鄂五省的疟疾发病人数即达2000万左右；其他如流感、痢疾、伤寒、虫媒传染病、血吸虫病等都有大幅度的回升。尽管国务院于1972年发出了《健全卫生防疫工作的通知》，但由于当时的政治、经济、社会环境条件限制，全国卫生防疫体系及其工作虽有一定的恢复，但仍处于全面低迷状态。
尽管卫生防疫体系遭到的破坏，正常工作受到干扰。但在关键时刻，广大卫生防疫工作者仍表现了无私奉献、勇于直前、对人民健康极端负责的精神，投入诸多控制传染病流行和突发应急事件中去。76年唐山大地震后，由于各项公共卫生措施到位及时，使得震后灾区的卫生防疫工作取得很大的成功。
(四)新的历史时期(1978年—— )
党的十一届三中全会以来，经过拨乱反正，落实多项正确政策并把工作重点转移到社会主义现代化建设上来，卫生防疫体系及其工作同其他社会主义建设事业一样进入了新的历史时期。这一时期又分为两个阶段：
1．全面恢复发展阶段(1978年——1985年)
1978年9月，在1955年发布的《传染病管理办法》的基础上颁布了《中华人民共和国急性传染病管理条例》，这个条例的实施加强了卫生防疫体系在预防控制传染病中的责任、地位和作用。1979年卫生部在1954年颁发的《卫生防疫站暂行办法和各级卫生防疫站组织编制规定》的基础上，颁布了《全国卫生防疫站工作条例》，以及1979年卫生部、财政部、国家劳动总局联合下发的《卫生防疫人员实行卫生防疫津贴的规定》、1980年国家编委和卫生部联合下发的《各级卫生防疫站组织编制规定》、1980年卫生部下发的《关于加强县卫生防疫站工作的几点意见》。采取这些措施，大大促进了卫生防疫体系、特别是其主体机构卫生防疫站的恢复与发展，不仅是在数量上增加，而更重要的是在工作质量和内部的科学管理、人员素质的改善与提高等方面都大大超过了前的水平。1982年1月，五届全国人大常委会第25次会议通过了《中华人民共和同食品卫生法(试行)》，使卫生防疫体系从几十年的行政
管理步入了法制管理的轨道，为后来更多的公共卫生法律、法规的实施探索了有益的经验。《食品卫生法(试行)》的实施也极大地强化了卫生防疫体系的社会职能，并大大提高了卫生防疫机构在社会上的地位和影响。
1982年为提高全国卫生防疫工作水平，卫生部成立了国家预防医学中心(1985年改为预防医学科学院)，为全国卫生防疫机构提供业务技术指导、应用性科学研究、高层次专业人员培训等服务，也初步形成了从中央到地方的联系密切的业务技术服务、信息沟通和网络系统。
到1985年底全国已建立各级、各类卫生防疫站3,410个，比1965年增加了911个，专业防治所 (站)1，566个，比1965年增加了744个。卫生防疫人员增至194,829人，比1965年增加117,650人，其中卫生技术人员增加了87,821人。
2．改革发展阶段(1986年-2002年)
这个阶段是我国卫生防疫体系及其工作不断适应社会主义市场经济变革，深化改革，不断加强内涵建设、提高科学管理水平，不断的将卫生防疫工作纳入法制管理，走向社会，不断地把公共卫生工作与国际接轨，走向世界的时期。
加强卫生防疫体系的内涵建设，努力提高防疫机构的管理水平和业务技术服务水平是在新形势下，卫生防疫工作的更高要求，是适应社会主义市场经济变革的迫切需要，也是卫生防疫体系能否持续发展，满足人民健康需求的必要条件。在这期间通过推进科学管理、科学理站、规范有偿服务管理，制定实施各级、各类卫生防疫站的技术规范；加强县卫生防疫站的规范建设；推进防疫站等级评审；加强中西部国债建设等措施以及加强卫生防疫机构主要领导和骨干的现代管理培训、应用型专业人员的高级培训；特别是在卫生防疫工作实践中重视发挥专家的作用，使卫生防疫体系的能力有了长足的提高，为有效预防控制疾病，执行卫生监督提供了必备条件。在此期间我国建立并进一步完善了冷链系统，实现了计划免疫三个85％的目标，和最终消灭脊髓灰质炎。1994年我国宣布基本消灭丝虫病；1998年宣布基本消灭麻风病。控制重大传染病的流行始终是卫生防疫体系的首要任务，无论是85年山东等地的出血热、海南的登革热或者是88年上海的甲肝和新疆非甲非乙的大流行，或且是O2、脊灰、伤寒、钩端螺旋体病、 O157、AIDS等局部流行，经过努力都能得到有效的控制。特别是在91年、94年、98年华东、中南及全国性的大水灾面前，广大卫生防疫工作者都能全力以赴，尽职尽责，在党和政府的正确领导下取得了三个大灾之后无大疫的辉煌战果。
广泛的发展爱国卫生运动、改变环境、讲究卫生。全国性的改水、改厕和开展卫生城市、
卫生城镇的创建工作，无疑对改善广大众的工作、生活环境、促进健康、预防疫病起到十分重要的作用。逐步运用和适应法律、法规规范管理公共卫生问题，是卫生防疫体系这一时期改革、发展的一大特点。除了《食品卫生法(试行)》外其他诸如《中华人民共和国传染病防治法》、《中华人民共和国卫生检疫法》、《中华人民共和国职业病防治法》以及《中华人民共和国尘肺病防治条例》、《化妆品卫生监督条例》、《公共场所卫生监督条例》、《突发公共卫生事件应急条例》等一批覆盖公共卫生各个领域的法律、法规相继出台并付诸实施，为疾病控制和卫生监督提供了有力的法制管理条件和手段，使公共卫生各个领域的管理进入有法可依、有法可循的良性运行环境。依法查处和处理了大量的毒酒事件、食源性中毒事件，职业病和职业中毒以及核丢失、环境损害健康的事件，有力的促进了有关行业的规范管理，保障了广大众的健康。
我国从80年代初加入世界卫生组织后，公共卫生的许多领域都与国际组织或友好国家加强了联系，使我国的公共卫生工作融入了国际社会，学习了经验，也到了差距。80年代中后期，我国先后引入国际资金合作项目，对冷链建设，计划免疫，消灭脊灰、艾滋病、性病、结核病、血吸虫病、麻风病、疟疾、寄生虫病、碘缺乏病等以及加强农村妇幼卫生建设和卫生防疫站机构建设、公共卫生信息网络建设等投入大量资金和设备，建立工作机制、培训专
业人才、提高技术水平。通过合作项目，使我国一些传染病的控制水平和效果，按期达到世界卫生组织规定的目标要求。90年代中期，根据我国社会疾病谱和公共卫生服务需求变化以及世界卫生组织对作为公共卫生问题的非传染性慢性病妁重视和关注，我国也把传统的公共卫生单纯的应对传染性疾病的概念，扩展到非传染性慢性病领域(包括伤害和精神卫生领域)。并以“疾病预防控制”的概念替代传统的“卫生防疫”概念，从卫生行政和专业机构设置上予以体现。同时为扩展此项工作迅速引进世界银行贷款“健康促进”项目，把国标上先进的 “健康促进”概念应用在非传染性慢性病，以及与行为、心理关系密切的传染性疾病(AIDS、STD)的预防控制中去，实践证明这种新概念、新方法能在预防控制有关疾病中显示重要作用。
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